「人類補完計画」とは、行き詰まった人類を、 新たな段階に人工進化させる計画である。 「エヴア」はゲンドウの「補完計画」を、 最終的に、シンジが否定する物語なのである。 零号機の魂は、 ナオコに絞殺された初代のレイのものではない。